Tónlistarskóli Reykjanesbæjar var stofnaður 1.september 1999 í kjölfarið á því að sveitarfélögin Keflavík og Njarðvík voru sameinuð í bæjarfélagið Reykjanesbæ árið 1994. Gömlu skólarnir sem höfðu starfað í sveitarfélögunum tveimur; Tónlistarskólinn í Keflavík og Tónlistarskóli Njarðvíkur voru lagðir niður við sameininguna og nýr skóli stofnaður undir merkjum Reykjanesbæjar. Haraldur Árni Haraldsson skólastjóri Tónlistarskóla Njarðvíkur var ráðinn skólastjóri hins nýja skóla og Karen J. Sturlaugsson skólastjóri Tónlistarskólans í Keflavík var ráðin aðstoðarskólastjóri.
Starfsemi hins nýja tónlistarskóla fór áfram fram í húsakynnum gömlu skólanna við Austurgötu 13 í Keflavík og á Þórustíg 7 í Njarðvík. Einnig fór hluti kennslunnar fram í flestum grunnskólum bæjarins og gátu því nemendur þar í forskóla og yngstu hljóðfæranemendurnir, stundað sitt nám á skólatíma.
Árið 2014 fékk tónlistarskólinn nýtt heimili í hinni nýbyggðu Hljómahöll, sem í dag hýsir starfsemi Tónlistarskólans og Rokksafns Íslands ásamt því að gegna hlutverki sem tónleika- og ráðstefnuhús Reykjanesbæjar.
Tónlistarskólinn í Keflavík var stofnaður af Tónlistarfélagi Keflavíkur, sem var þá nýstofnað árið 1957. Aðal hvatamenn að stofnun félagsins og skólans voru Guðmundur H. Norðdal hljóðfæraleikari og Vigdís Jakobsdóttir píanókennari. Fyrir þann tíma höfðu hinir ýmsu einstaklingar á svæðinu tekið að sér tónlistarkennslu í heimahúsum.
Á næstu áratugum voru svo stofnaðir tónlistarskólar í fleiri byggðarlögum á Suðurnesjum og þar með talið Tónlistarskóli Njarðvíkur árið 1976.